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Wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w) Fachgruppe "Molekulare Mikrobiologie und Genomanalyse"

Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR). Ber­lin, 03.08.2017

STELLENAUSSCHREIBUNG
Das Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) ist das nationale Institut, das auf der Grundla­ge international anerkannter wissenschaftlicher Bewertungskriterien Gutachten und Stel­lungnahmen zu Fragen der Lebensmittel-, Futtermittel- und Chemikaliensicherheit und des gesundheitlichen Verbraucherschutzes erstellt. In diesen Bereichen berät es die Bundesre­gierung sowie andere Institutionen und Interessengruppen. Das BfR betreibt eigene For­schung zu Themen, die in engem Zusammenhang mit seinen Bewertungsaufgaben stehen. Es ist eine rechtsfähige Anstalt im Geschäftsbereich des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL).
In der Abteilung Biologische Sicherheit des BfR ist in der Fachgruppe „Molekulare Mikrobio­logie und Genomanalyse“ ab sofort unbefristet folgende Stelle zu besetzen:
Wissenschaftliche/r Mitarbeiterin / Mitarbeiter
- Entgeltgruppe 14 TVöD -
Kennziffer: 1798/2017
Teilzeitbeschäftigung ist möglich.
Aufgaben:
  • Entwicklung und Validierung von automatisierten Datenanalysepipelines für Genomsequenzen bakterieller Erreger unter Berücksichtigung verschiedener Next-Generation Sequenzierungstechnologien
  • Entwicklung und Einrichtung von Softwaretools für die Identifizierung von spezifischen Erregersequenzen, z.B. hinsichtlich ihrer Virulenz, Resistenz, und Phylogenie
  • Entwicklung von Genomsequenzdatenbanken, Datenarchivierungslösungen und Datenbankanbindung an ein LIMS
  • IT-Betreuung von Sequenziergroßgeräten und Erarbeitung von Datentransferlösungen
  • Qualitative und quantitative Auswertung von Metagenomsequenzen, u.a. zur Identifizierung und Charakterisierung von Mikroorganismen, Tierarten, Allergene, Gentechnisch veränderte Organismen
  • Auswertung von Gesamt-Transkriptom-Shotgun-Sequenzdaten (RNA-Seq)
  • Mitarbeit bei der Akkreditierung von bioinformatischen Softwarelösungen
  • Interne und externe Beratung von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern hinsichtlich der Genomdatenauswertung, Durchführung von Anwenderworkshops
  • Beteiligung an und Einwerbung von Drittmittelprojekten, sowie aktiver wissenschaftlicher Austausch mit nationalen und internationalen Kooperationspartnern
  • Abfassen von wissenschaftlichen Publikationen und Präsentation wissenschaftlicher Ergebnisse
  • Betreuung von Praktikantinnen und Praktikanten, Studierenden sowie Doktorandeninnen und Doktoranden
Anforderungen:
  • Abgeschlossenes Hochschulstudium der Bioinformatik oder einer vergleichbaren Fachrichtung, Promotion erforderlich
  • Mehrjährige Erfahrung auf dem Gebiet der Entwicklung von Pipelines für die Genomse-quenzdatenanalyse von Bakterien, und Metagenomdaten (vorzugsweise mit Snakemake) erforderlich
  • Fundierte bioinformatische Kenntnisse von open-source Programmen für vergleichende Genomanalysen (Mapping, Alignments, Variant Calling) und phylogenetische Analysen, sowie für die Visualisierung genomischer Daten notwendig
  • Beherrschung von Unix bzw. Linux und Programmierkenntnisse in den Skriptsprachen wie Python oder Perl erforderlich
  • Erfahrung mit Workflow Manager Plattformen wie Galaxy vorteilhaft
  • Fundierte Kenntnisse in SQL und Datenbanksystemen vorteilhaft
  • Kenntnisse anderer Programmiersprachen wie, Java, Javascript, C++, go, ruby oder julia vorteilhaft
  • Einschlägige Publikationen auf dem Gebiet der bakteriellen Genomanalyse vorteilhaft
  • Ausgeprägte Kommunikationsfähigkeit und Erfahrungen in der Anleitung von Doktoranden/innen, Masterstudierenden und Hospitanten/-innen vorteilhaft
  • Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schrift erforderlich
  • Gute EDV-Kenntnisse sowie eine gewissenhafte Arbeitsweise, Flexibilität, Teamfähigkeit und Belastbarkeit sowie die Bereitschaft zu Dienstreisen werden vorausgesetzt
Der Dienstort ist Berlin.
Nähere Auskünfte erteilen Herr PD Dr. Malorny (Tel.: 030 18412-2237) und Frau Dr. Fischer (Tel.: 030 18412-2188).
Head Das BfR begrüßt Bewerbungen von Menschen aller Nationalitäten.
Als innovative wissenschaftliche Einrichtung bietet das BfR familien-freundliche Arbeitsbedingungen. Dafür wurde das BfR mit dem Zertifikat „audit berufundfamilie®“ ausgezeichnet. Das BfR gewährleistet die be­rufliche Gleichstellung von Frauen und Männern. An der Bewerbung von Frauen besteht daher ein besonderes Interesse.
Schwerbehinderte Menschen werden bei gleicher Eignung besonders berücksichtigt; von ihnen wird nur ein Mindestmaß an körperlicher Eig­nung verlangt.
Bewerbungsverfahren
Fühlen Sie sich angesprochen?
Dann bewerben Sie sich bitte bis zum 17. August 2017 über unser Online-System:
Fragen im Zusammenhang mit dem Bewerbungsverfahren richten Sie bitte an: bewerbung@bfr.bund.de . Bitte senden Sie keine Bewerbungen an diese E-Mail-Adresse.
Bild-3 Sofern Sie sich nicht online bewerben können, verweisen wir auf den Weg der postalischen Bewerbung unter Angabe der jeweiligen Kennziffer (Bundesinstitut für Risikobewertung, Personalreferat - 11.17 -, Max-Dohrn-Str. 8-10, 10589 Ber­lin).

Bewerbungsschluss: 17.08.2017