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Master thesis in applied/microbial bioinformatics
Veröffentlicht am
16.11.2018
Vollzeit-Stelle
Leibniz-Institut für Ostseeforschung Warnemünde (IOW)
Rostock/Warnemünde
The Leibniz Institute for Baltic Sea Reasarch (IOW) offers a master thesis in the field of
bioinformatics with the topic
Master thesis in applied/microbial bioinformatics
in Rostock/Warnemünde
In the central Black Sea there is a encompassing suboxic to sulfidic waters. An initial analysis revealed that the microbial communities are strongly stratified along the redox gradient and dominated by particular bacterial and archaeal groups. These groups are involved in different microbial processes, such as nitrification, denitrification, Annamox and sulfur oxidation.
The focus of this master thesis lies in the metagenomics analysis of the different layers of the Black Sea redoxcline. A key aspect of this project is the identification and characterization of the microbial key players, in particular the metabolic reconstruction of the specific pathways.
Skills
experience in applied/microbial bioinformatics
experience in programming (preferably Python and/or R) and Unix
experience in version control (Git)
experience in containerization (e.g. Singularity or Docker) or conda desired
experience in workflow frameworks (e.g. Snakemake or NextFlow) desired
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